卵巢早衰的确切病因目前尚不十分清楚，但目前较为肯定的有免疫、药物、手术、感染等方面的因素。
(1)免疫因素：体内免疫机制的问题如风湿性关节炎、甲状腺疾病以及遗传性疾病因素等，是导致卵巢功能早衰的重要原因。
(2)医源性卵巢早衰：如卵巢切除。40岁以前切除双侧或一侧卵巢可造成卵巢等组织功能减退，导致卵巢早衰，过去认为切除一侧卵巢后，对侧卵巢可维持正常的内分泌功能。近年的研究发现，一侧卵巢切除以后，卵巢分泌的激素下降，骨质疏松及更年期症状出现的机会增加。此外，应尽量避免侵袭性的手术操作，如反复多次的人工流产等。
(3)特发性卵巢早衰：是一种无明确致病因素的继发性闭经，是卵巢早衰的最重要类型，多在生育年龄发病，临床上出现渐进性或进行性月经稀少，然后闭经并伴有潮热、烦躁等更年期症状，内外生殖器官呈萎缩状态。
(4)与幼年患过腮腺炎并发卵巢炎有关：这是造成卵巢早衰常见的原因，由于腮腺炎并发卵巢炎，破坏了卵巢的功能，使卵巢对垂体分泌的一种促性腺激素的刺激不敏感，没有产生应有的反应。
(5)与生育状况有关：首先与首次怀孕的年龄有关。即首孕年龄越大，绝经愈早。另外，哺乳时间越长，绝经越晚。还有，口服避孕药时间越长，绝经越晚。
(6)与生活习惯有关：调查结果表明每周吃2～3次鱼、虾的妇女，绝经年龄较晚;常年坚持喝牛奶的妇女，喝牛奶量较多，坚持时间越长，绝经越晚;从不锻炼身体的妇女，绝经年龄早;受到被动吸烟侵害越多，时间越长，绝经越早。
(7)与月经初潮年龄有关：月经初潮年龄越早，绝经发生得越早。
(8)与穿“塑身内衣”有关：由于“塑身内衣”的压迫，导致卵巢发育受限，卵巢受伤。尤其是少女长期穿紧身衣，不仅会影响发育，还会诱发乳腺增生或囊肿等疾病。
(9)与生活节奏、心理压力有关：生活节奏加快导致的心理压力过大，也会使女性提早出现隐性更年期症状。据一项问卷调查资料显示，在30多岁的白领女性中，有27%的人存在着不同程度的隐性更年期现象。她们自诉身心疲惫、体重攀升、烦躁失眠、皮肤干燥、发色枯黄、月经紊乱等，有时还会厌倦工作，莫名其妙地病一场，虽然服用了大量保健品也无济于事，严重影响了自己与家人的生活与工作。
